매입세액 공제를 받은 소프트웨어가 폐업 시 잔존재화에 해당한다면, 부가가치세법상 재화의 공급으로 보아 시가를 과세표준으로 하여 부가가치세를 납부해야 합니다.
사업자가 폐업할 때 자기생산·취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 보아 부가가치세를 과세합니다. 이때 과세표준은 원칙적으로 폐업 당시의 시가로 합니다. 다만, 해당 재화가 감가상각자산에 해당하는 경우에는 세법에서 정한 산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 할 수 있습니다.
소프트웨어는 법인세법 및 부가가치세법상 감가상각자산(무형자산)으로 분류되므로, 폐업 시 잔존재화에 대한 과세표준 계산 시 감가상각자산의 간주공급 규정을 적용합니다. 구체적인 계산 방법은 다음과 같습니다.
만약 매입 당시 매입세액을 공제받지 않았거나, 폐업 시점에 이미 감가상각이 완료되어 잔존가액이 없는 등 세법상 과세 대상에서 제외되는 예외적인 상황이 아니라면, 위 규정에 따라 과세표준을 산정하여 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 확정신고 및 납부해야 합니다.