사업의 포괄적 양도·양수는 재화의 공급으로 보지 않으므로 부가가치세가 과세되지 않으며, 이에 따라 양도인은 세금계산서를 발급할 의무가 없습니다. 다만, 사업의 포괄적 양도에 해당하더라도 부가가치세 신고 의무가 완전히 면제되는 것은 아니며, 다음과 같은 절차와 주의사항이 있습니다.
사업양도신고서 제출: 사업양도인은 부가가치세 폐업 확정신고 시 '사업양도신고서'와 '사업양도양수계약서'를 작성하여 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.
포괄양도 여부의 판단: 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시켜야 합니다. 미수금, 미지급금, 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등을 제외하고 승계하더라도 사업의 포괄적 양도로 봅니다.
대리납부 특례: 사업의 포괄적 양도 여부가 불분명한 경우, 양수자가 대가를 지급할 때 부가가치세를 징수하여 대리납부하면 재화의 공급으로 보아 세금계산서를 발급할 수 있습니다. 이 경우 양도인은 매출 신고 시 '사업양수자의 대리납부 기납부세액'란에 기재하여 공제받습니다.
주의사항: 사업의 포괄적 양도임에도 불구하고 재화의 공급으로 보아 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부하는 경우, 양수자는 매입세액 공제를 받을 수 없으며 가산세가 적용될 수 있으므로 계약 시 포괄양도 여부를 명확히 해야 합니다.