중소기업 소득세 감면 대상자가 아닌 근로자가 감면 대상자로 분류되어 소득세가 잘못 계산된 경우, 8월 급여부터 정상 적용 후 연말정산 시 처리하는 방법과 수정신고 방법 중 무엇이 옳은지, 혹은 다른 올바른 처리 방법은 무엇인지 알려주세요.

중소기업 취업자 소득세 감면 대상자가 아님에도 감면이 적용된 경우, 원천징수의무자(회사)는 즉시 원천징수세액을 수정하여 추가 징수해야 하며, 연말정산 시까지 기다리는 것은 적절하지 않습니다.

1. 처리 방법: 원천징수 수정신고

감면 요건을 갖추지 못한 사실을 확인한 경우, 원천징수의무자는 해당 근로자에게 과소 징수된 세액을 즉시 부과·징수해야 합니다. 연말정산 시점에 일괄 처리하는 것은 세법상 정당한 절차가 아니며, 과소 징수된 세액에 대해 가산세가 발생할 수 있습니다.

• 근로자 재직 시: 감면 부적격 사실을 확인한 이후 근로소득을 지급할 때, 당초 원천징수했어야 할 세액과 실제 징수한 세액의 차액에 100분의 105를 곱한 금액을 해당 월의 원천징수세액에 더하여 징수해야 합니다.
• 근로자 퇴직 시: 퇴직한 근로자에 대해서는 '중소기업 취업자 소득세 감면 부적격 대상 퇴직자 명세서'를 작성하여 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 이 경우 관할 세무서장이 해당 근로자에게 직접 세액을 부과·징수합니다.

2. 수정신고 절차

이미 제출된 원천징수이행상황신고서가 사실과 다르므로, 이를 수정하여 제출해야 합니다.

1. 수정 원천징수이행상황신고서 제출: 당초 제출한 신고서의 귀속·지급연월과 동일하게 작성하되, 수정사항을 반영하여 다시 제출합니다. 이때 세액 증가분은 정기분 원천징수이행상황신고서의 'A90'란에 기재하여 납부합니다.
2. 지급명세서 수정: 연말정산 시 감면세액이 반영된 지급명세서를 제출했다면, 이를 수정하여 다시 제출해야 합니다.

3. 유의사항

• 가산세 부담: 감면 요건을 갖추지 못한 근로자가 부당한 방법으로 감면을 받은 경우, 근로자 본인에게 과소신고 가산세 및 납부지연 가산세가 부과될 수 있습니다.
• 지방소득세: 개인지방소득세 또한 소득세 감면액의 10%를 감면받았으므로, 소득세 수정 시 지방소득세도 함께 수정하여 관할 지방자치단체에 통지 및 정정해야 합니다.

이미 감면 기간이 종료된 근로자라 하더라도, 감면 대상이 아님에도 감면을 적용받은 사실이 확인된 이상 위와 같이 즉시 수정 절차를 밟아야 합니다.