회사가 직원 건강검진비를 대신 부담했을 때, 근로소득세 원천징수 의무는 어떻게 되나요?

회사가 임직원의 건강검진비를 대신 부담하는 경우, 해당 건강검진이 관련 법령에 따른 의무 검진인지 아니면 회사가 복리후생 차원에서 임의로 실시하는 것인지에 따라 근로소득 과세 여부가 결정됩니다.

1. 근로소득으로 보지 않는 경우 (비과세) 「산업안전보건법」 등 관련 법령에 따라 사업주가 의무적으로 실시해야 하는 건강진단을 수행하고 그 비용을 회사가 부담하는 경우에는 해당 비용을 근로소득으로 보지 않습니다. 이는 회사가 근로자의 건강 보호 및 유지를 위해 법적 의무를 이행하는 과정에서 발생하는 비용이기 때문입니다.

2. 근로소득으로 보는 경우 (과세) 다음과 같은 경우에는 해당 건강검진비 지원액을 근로자의 급여로 보아 근로소득세를 원천징수해야 합니다.

   • 법령상 의무 범위를 초과하는 경우: 법령에서 정한 의무 검사항목 외에 추가적인 검진 항목을 지원하거나, 법령상 의무 검진 대상이 아닌 임직원에게 종합건강검진 등을 지원하는 경우
   • 복리후생 차원의 임의 실시: 법령에 근거하지 않고 회사가 복리후생 차원에서 자체적으로 실시하는 건강검진 비용을 회사가 대신 부담하는 경우

주의사항

• 차등 지원 시 판단: 임직원 간 직급이나 근속연수 등에 따라 건강검진비를 차등 지원하는 경우, 그 비용 차액이 사회통념상 타당한 범위를 벗어난다면 해당 차액은 근로소득으로 보아 과세하는 것이 원칙입니다.
• 원천징수 의무: 과세대상 근로소득에 해당하는 건강검진비는 급여에 합산하여 매월 급여 지급 시 근로소득세를 원천징수하고, 연말정산 시 이를 반영하여 신고해야 합니다.