2025년까지 발생하여 공제받지 못한 고용증대세액공제액은 종전 규정에 따라 이월하여 공제받을 수 있으며, 2026년 이후 발생하는 고용 증가분에 대해서는 통합고용세액공제 규정을 적용하여 인원을 계산합니다.
기존 고용증대세액공제와 통합고용세액공제는 별개의 제도로 운영되나, 세액공제액의 이월공제에 관하여는 조세특례제한법 제144조에 따라 미공제 세액을 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 공제할 수 있습니다. 따라서 2025년까지 발생한 미공제 세액은 소멸하지 않으며, 이월된 미공제 금액이 있는 경우 해당 과세연도의 법인세 또는 소득세에서 먼저 공제하게 됩니다.
2026년 이후의 고용 증가분에 대한 통합고용세액공제 적용 시에는 다음과 같은 점을 유의해야 합니다.
이월된 세액공제액과 당해 연도 발생 세액공제액이 중복되는 경우, 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제합니다.