프리랜서와 3개월간 업무 후 정식 계약을 체결할 때, 과거 3개월간의 강사료에 대한 원천세 3.3%를 소급하여 공제해야 하는지, 아니면 정식 계약 이후부터 공제하면 되는지 궁금합니다.

프리랜서에게 지급한 강사료는 지급 시점에 원천징수 의무가 발생하므로, 과거 3개월간 지급한 강사료에 대해서도 원천징수하여 신고·납부해야 합니다.

원천징수는 소득을 지급하는 시점에 원천징수의무자가 세액을 징수하여 다음 달 10일까지 신고·납부하는 것이 원칙입니다. 따라서 과거 3개월 동안 원천징수를 하지 않고 강사료 전액을 지급했다면, 이는 원천징수 의무를 이행하지 않은 것이 됩니다. 이 경우 다음과 같이 대처해야 합니다.

1. 과거 미납분에 대한 수정신고: 과거 3개월간 지급한 강사료에 대해 원천징수이행상황신고서를 수정하여 제출하고, 누락된 세액을 납부해야 합니다. 이때 납부기한이 지났으므로 미납세액에 대한 '납부지연가산세'가 발생할 수 있습니다.
2. 지급명세서 제출: 원천징수 신고와 함께 해당 소득에 대한 지급명세서도 반드시 제출해야 합니다.
3. 향후 원천징수: 정식 계약 여부와 관계없이, 프리랜서(인적용역 사업자)에게 대가를 지급할 때는 지급액의 3.3%(지방소득세 포함)를 원천징수하여 매월(또는 반기별) 신고·납부해야 합니다.

이미 지급한 금액에서 원천징수 세액을 공제하지 못했다면, 원천징수의무자가 세액을 부담하여 납부한 후 해당 프리랜서에게 구상권을 행사하거나, 향후 지급할 강사료에서 정산하는 등의 방법으로 처리해야 합니다. 가산세 부담을 최소화하기 위해 관할 세무서에 문의하여 신속히 수정신고를 진행하시기 바랍니다.