공통매입세액의 재계산은 공통매입세액 총액을 기준으로 면세공급가액 또는 면세사용면적의 증감 비율을 적용하여 계산하며, 이미 공제받은 세액을 차감하는 방식으로 이루어집니다.
감가상각자산에 대한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 당초 공통매입세액 안분계산 시 적용했던 비율과 재계산 사유가 발생한 과세기간의 비율 차이가 5% 이상인 경우에 수행합니다. 이때 계산식은 다음과 같습니다.
즉, 불공제분을 제외한 금액에 다시 비율을 곱하는 것이 아니라, 해당 재화의 전체 매입세액을 기준으로 경과된 과세기간을 고려한 체감율을 적용하고, 여기에 증감된 면세비율을 곱하여 가산하거나 공제할 세액을 산출합니다. 최종적으로는 이 계산 결과에서 이미 공제받은 세액을 차감하여 정산하게 됩니다.