중소기업 청년 소득세 감면 대상자인데, 현재 회사에서 소득세를 전부 떼고 있다면 나중에 90%를 돌려받지 못할 수도 있나요?

중소기업 취업자 소득세 감면은 원천징수된 세액을 무조건 90% 환급해 주는 제도가 아니라, 감면 요건을 충족한 근로자가 신청 절차를 완료했을 때 해당 근로소득세액의 90%를 감면해 주는 제도입니다.

따라서 다음과 같은 경우에는 감면 혜택을 받지 못하거나 환급액이 달라질 수 있습니다.

1. 감면 신청 미이행: 근로자가 회사에 '중소기업 취업자 소득세 감면신청서'를 제출하지 않았거나, 회사가 관할 세무서에 '감면 대상 명세서'를 제출하지 않은 경우 감면이 적용되지 않습니다.
2. 감면 요건 미충족: 취업 당시 연령, 기업 규모, 업종 등 법령에서 정한 요건을 갖추지 못한 경우 감면 대상에서 제외됩니다.
3. 결정세액 부족: 감면은 '산출세액'을 기준으로 계산됩니다. 연말정산 결과 다른 공제 항목(인적공제, 보험료·의료비·교육비 세액공제 등)을 모두 적용한 후의 결정세액이 이미 0원이거나, 감면액보다 적은 경우에는 감면 혜택을 온전히 다 받지 못할 수 있습니다. 즉, 이미 낸 세금보다 실제 부담할 세금이 적어야 환급이 발생합니다.
4. 감면 한도 초과: 감면액은 과세기간별로 연간 200만 원까지만 적용됩니다. 산출세액에 감면율(90%)을 곱한 금액이 200만 원을 초과하더라도 그 이상의 금액은 감면되지 않습니다.

이미 원천징수된 세액이 있다면, 감면 신청을 통해 결정세액을 낮추어 연말정산 시 차액을 환급받을 수 있습니다. 만약 재직 중 감면 신청을 하지 못했다면, 퇴직 후라도 주소지 관할 세무서에 직접 경정청구를 하여 환급을 신청할 수 있습니다.