부가가치세는 원천징수 대상이 아니며, 원천징수는 소득세나 법인세와 같이 소득을 지급할 때 세금을 미리 떼어 납부하는 제도입니다.
부가가치세는 재화나 용역을 공급하는 사업자가 공급가액에 10%의 세율을 적용하여 계산한 세액을 공급받는 자로부터 징수하여 납부하는 '거래징수' 방식을 취합니다. 즉, 부가가치세는 거래 단계에서 공급자가 소비자로부터 세금을 받아 납부하는 것이지, 소득을 지급할 때 세금을 떼는 원천징수와는 성격이 다릅니다.
다만, 부가가치세법상 특정 용역을 공급받는 자가 부가가치세를 징수하여 납부해야 하는 '대리납부' 제도가 존재하는데, 이는 원천징수와는 별개의 제도입니다. 또한, 원천징수 대상이 되는 소득(이자, 배당, 사업소득, 기타소득 등)을 지급할 때 소득세를 원천징수하지 않으면 가산세가 부과될 수 있으므로 주의가 필요합니다.