결손금 소급공제 신청 시 직전 사업연도의 과세표준과 세액이 수정신고나 경정 등으로 변경된 경우, 당초 환급세액을 재결정하여 차액을 환급하거나 징수하게 됩니다.
결손금 소급공제는 직전 사업연도의 법인세(또는 소득세) 산출세액을 한도로 환급이 이루어지는데, 만약 직전 사업연도의 과세표준이나 세액이 수정신고 또는 경정으로 인해 달라진다면, 관할 세무서장은 당초 환급세액을 재결정해야 합니다. 이 과정에서 재결정한 환급세액이 당초 환급세액보다 적어 차액을 징수해야 하는 경우에는 이자상당액을 가산하여 징수하며, 반대로 추가 환급이 필요한 경우에는 추가로 환급받을 수 있습니다.
다만, 결손금 소급공제 환급을 받기 위해서는 법정신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 직전 사업연도의 과세표준 및 세액을 각각 신고해야 한다는 요건을 충족해야 합니다. 따라서 수정신고를 통해 과세표준이나 세액이 변경된 경우, 해당 변경 사항이 반영된 최종적인 결정세액을 기준으로 환급액이 정산됩니다.