유통기한 만료로 폐기된 원료의 비용을 고객사에게 청구할 때, 원료 공급가액만 청구해야 하나요 아니면 부가세 10%를 포함하여 청구해야 하나요?

유통기한 만료로 인해 폐기된 원재료에 대한 비용을 고객사로부터 보전받는 경우, 해당 금액은 재화나 용역의 공급에 대한 대가가 아닌 손해배상금 성격으로 보아 부가가치세 과세 대상에서 제외됩니다.

부가가치세법상 과세 대상은 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급입니다. 귀사가 고객사의 과실 등으로 인해 발생한 폐기 비용을 청구하는 것은 재화나 용역을 공급하고 그 대가를 받는 것이 아니라, 발생한 손실을 보전받는 것이므로 부가가치세가 과세되지 않습니다. 따라서 이 경우 세금계산서를 발급할 수 없으며, 부가가치세 10%를 포함하지 않은 원재료 폐기 비용 상당액만을 청구해야 합니다.

핵심 확인 사항:

• 손해배상금의 성격: 해당 청구 금액이 재화의 공급과 직접적인 대가 관계가 없는 손실 보전금임을 입증할 수 있어야 합니다. 계약서나 합의서 등을 통해 해당 비용이 폐기에 따른 손해배상금임을 명확히 해두시기 바랍니다.
• 증빙 관리: 세금계산서 대신 입금증, 합의서, 손해배상 청구서 등 객관적인 증빙 자료를 갖추어 두어야 합니다. 만약 이를 재화의 공급으로 보아 세금계산서를 발급하게 되면, 추후 과세당국으로부터 부가가치세 과세 대상 여부에 대한 소명이 필요할 수 있습니다.
• 완제품과의 관계: 완제품 판매 시 발생하는 10%의 부가가치세와는 별개로, 원재료 폐기 비용 청구는 그 자체의 실질에 따라 과세 여부를 판단하므로 손해배상금으로 처리하는 것이 타당합니다.