법인이 수입물품 통관 과정에서 발생한 관세 및 수입부가세를 직원에게 지급하는 경우, 해당 비용은 정규영수증 수취 의무가 면제되는 거래에 해당하지 않으므로 경비 등의 송금명세서 제출 대상에서 제외할 수 없습니다.
법인세법상 법인이 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 대가를 지급할 때는 세금계산서, 계산서, 신용카드 매출전표, 현금영수증 등 정규영수증을 수취하여 보관해야 합니다. 관세 및 수입부가세는 국가에 납부하는 세금으로, 이를 직원이 대납하고 법인이 사후 정산하는 경우 해당 비용은 정규영수증 수취 대상 거래가 아니며, 법인세법 시행령 제158조 제2항에서 규정하는 '경비 등의 송금명세서 제출 대상' 거래(임가공용역, 운수업 등)에도 포함되지 않습니다.
따라서 해당 비용은 정규영수증 수취 의무가 없는 거래로서, 송금명세서 제출을 통해 증빙을 갈음할 수 있는 항목이 아닙니다. 다만, 실제 지출 사실이 객관적인 증빙(관세 납부 영수증, 직원 출장비 지급 규정 등)에 의해 확인된다면 법인의 손금으로 인정받을 수 있습니다. 가산세 불이익을 피하기 위해서는 해당 비용의 성격과 지출 증빙을 명확히 관리하시기 바랍니다.