부가가치세 면세사업자는 부가가치세 신고 및 납부 의무가 없으므로, 사업과 관련하여 지출한 매입세액을 매출세액에서 공제하거나 환급받을 수 없습니다.
부가가치세법상 면세사업자는 재화나 용역을 공급할 때 부가가치세를 거래징수하지 않는 대신, 물건을 구입하거나 서비스를 제공받을 때 부담한 매입세액도 공제받지 못하는 구조입니다. 따라서 면세사업자가 부담한 매입세액은 부가가치세 환급 대상이 아니며, 해당 금액은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하여 소득세 절감 효과를 얻는 방식으로 처리해야 합니다.
다만, 면세사업자가 수출 등 영세율이 적용되는 재화나 용역을 공급하는 경우 등 예외적인 상황에서 면세포기 신고를 통해 과세사업자로 전환하면 매입세액 공제 및 환급이 가능할 수 있습니다. 이 경우 면세포기 신고를 한 날부터 3년간은 다시 면세 적용을 받을 수 없으므로, 사업의 성격과 매입 규모 등을 종합적으로 고려하여 신중하게 결정해야 합니다.