이전 질문의 상황에서 부가가치세 공제가 가능한지, 관련 국세청 예규나 법령이 있는지 궁금합니다.

사업자가 부가가치세 과세사업에 사용할 목적으로 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 국고보조금으로 지급한 경우, 해당 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있습니다.

매입세액 공제 여부는 공급받은 재화나 용역이 사업을 위해 사용되었거나 사용될 목적인지, 그리고 부가가치세법상 불공제 사유에 해당하지 않는지를 기준으로 판단합니다. 이때 공급 대가의 재원이 국고보조금인지 여부는 매입세액 공제 여부에 영향을 미치지 않습니다. 다만, 국고보조금을 재원으로 하더라도 해당 사업이 면세사업이나 비과세사업과 관련되어 있다면 관련 매입세액은 공제받을 수 없습니다.

관련 근거 및 예규

• 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액): 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 매출세액에서 공제합니다.
• 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액): 면세사업 등에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니합니다.
• 국세청 예규(서삼46015-10767, 2002.05.09.): 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 불공제 사유를 제외하고는 매출세액에서 공제할 수 있으며, 공급대가를 지급함에 있어 그 재원에 정부출연금이 포함되어 있는지 여부와는 무관합니다.
• 국세청 예규(서면법규과-608, 2013.05.28.): 과세사업을 영위하는 사업자가 보조금을 재원으로 과세사업을 위한 재화 또는 용역을 공급받고 발급받은 세금계산서상의 매입세액은 공제 가능합니다.