공익법인이 특수관계인에게 인건비를 지급하여 발생하는 가산세와, 특수관계법인과의 거래를 통해 지배주주 등이 얻는 이익에 대한 증여세는 서로 다른 과세 체계에 근거합니다.
공익법인이 출연자 또는 그 특수관계인을 임직원으로 채용하고 급여 등을 지급하는 경우, 해당 인건비 등 직·간접 경비 전액이 가산세로 추징될 수 있습니다. 이는 공익법인의 사유화를 방지하기 위한 규정으로, 예외적인 경우(의료기관의 의사, 사회복지시설의 사회복지사 등)를 제외하고는 엄격히 적용됩니다. 이 가산세는 공익법인 자체가 부담하는 제재적 성격의 세금입니다.
흔히 '일감 몰아주기'라 불리는 이 제도는 수혜법인이 특수관계법인으로부터 일감을 받아 발생한 이익을 지배주주 등이 증여받은 것으로 보아 지배주주 등에게 증여세를 과세하는 제도입니다. 이는 수혜법인의 세후영업이익, 특수관계법인과의 거래비율, 지배주주의 주식보유비율을 기준으로 계산하며, 가산세와는 별개의 증여세 과세 항목입니다.
두 제도는 과세 대상(공익법인 vs 지배주주), 과세 근거(사유화 방지 vs 부의 이전 방지), 계산 방식이 완전히 다르므로 혼동하지 않도록 주의해야 합니다.