등기부등본에 지점 설치 및 폐지 내역이 정상적으로 기재되어 있다면, 관할이 다른 경우에도 과세 처리가 다르게 적용될 수 있나요?

등기부등본상에 지점의 설치 및 폐지 내역이 정상적으로 기재되어 있더라도, 등록면허세는 등기소의 관할 구역을 기준으로 과세 여부가 결정되므로 관할이 다른 경우에는 각 등기 건당 별도로 과세되는 것이 원칙입니다.

등록면허세는 '동일 등기소 관할 구역' 내에서 이루어지는 등기 신청을 하나의 과세 단위로 봅니다. 따라서 귀하의 사례처럼 구의(서울동부), 구로(서울남부), 청담(서울중앙)과 같이 관할 등기소가 서로 다른 경우에는 등기부상 기재 여부와 관계없이 각 관할 등기소별로 등록면허세를 각각 납부해야 합니다.

법무법인에서 처리한 내역이 관할별로 나누어 납부된 것이라면 이는 적법한 처리입니다. 만약 관할이 다른데도 불구하고 특정 관할에만 납부되었거나, 반대로 동일 관할 내에서 여러 건을 납부했다면 과오납이나 누락 여부를 확인해야 합니다. 등기부등본에 기재가 완료되었다는 것은 등기 절차가 정상적으로 마쳐졌음을 의미하며, 세금 납부와 등기 신청은 별개의 행정 절차로 진행됩니다.