매입 세금계산서와 관련하여 계약의 해제, 미전송, 매입세액 불공제 항목은 각각의 사유에 따라 처리 방법이 다릅니다.
계약의 해제: 재화 또는 용역의 공급이 이루어지기 전 계약이 해제된 경우, 계약 해제일을 작성일로 하여 수정세금계산서를 발급해야 합니다. 이때 처음 발급한 세금계산서의 내용대로 음(-)의 표시를 하여 발급합니다.
전자세금계산서 미전송: 발급은 정상적으로 했으나 국세청 전송이 누락된 경우, 발급일의 다음 날까지 전송하지 못했다면 가산세가 부과됩니다. 확정신고 기한 내에 전송하면 공급가액의 0.3%(지연전송), 기한을 넘겨 전송하거나 미전송 시 0.5%(미전송)의 가산세가 적용됩니다. 다만, 발급 위반에 대한 가산세가 적용되는 경우 전송 위반 가산세는 중복 부과되지 않습니다.
매입세액 불공제 항목: 사업과 직접 관련 없는 지출, 개별소비세 과세 대상 자동차 구입·유지비, 면세사업 관련 매입세액, 토지 관련 매입세액 등은 매출세액에서 공제되지 않습니다. 이러한 항목은 부가가치세 신고 시 '공제받지 못할 매입세액 명세서'를 제출하여 매출세액에서 차감하지 않도록 처리해야 합니다.
매입세액 공제 가능 예외: 세금계산서 미수취나 부실기재가 있더라도, 거래사실이 확인되어 경정기관의 확인을 거치거나 확정신고기한 후 1년 이내에 수정신고·경정청구 등을 통해 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다. 이 경우 지연수취 가산세(0.5%)가 부과될 수 있습니다.