세무적으로는 거래의 실질이 확인된다면 제3자 계좌로 대금을 입금하더라도 세금계산서 발급 및 매입세액 공제에는 문제가 없습니다.
부가가치세법상 세금계산서는 재화나 용역을 공급하고 그 대가를 거래징수했다는 사실을 증명하는 서류입니다. 따라서 세금계산서의 필요적 기재사항(공급자의 등록번호·성명·명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일)이 정확하다면, 대금 입금 계좌가 공급자의 명의가 아니라는 이유만으로 세금계산서의 효력이 부정되거나 매입세액 공제가 거부되지는 않습니다.
다만, 세무조사나 사후 검증 시 거래의 실질을 입증하는 것이 중요하므로 다음 사항을 반드시 준비해 두시기 바랍니다.
결론적으로, 실제 거래 당사자 간의 거래임이 명확하고 이를 입증할 수 있는 증빙이 있다면 세무상 불이익은 발생하지 않습니다.