연말정산 시 근로자가 회사에 제출한 소득공제 및 세액공제 증명서류, 그리고 회사가 작성한 근로소득 원천징수영수증 등은 국세청의 사후 검증이나 추후 발생할 수 있는 세무 쟁점에 대비하기 위해 일정 기간 보관 의무가 있습니다.
주요 보관 관련 유의사항은 다음과 같습니다.
보관 기간: 해당 과세기간의 종합소득세(연말정산) 법정신고기한이 지난 날부터 5년입니다.
보관 대상: 인적공제, 특별소득공제, 세액공제 등 공제 대상임을 증명하는 서류 및 총수입금액과 필요경비 계산의 기초가 되는 서류 일체입니다.
전자문서 보관: 종이 서류뿐만 아니라 전자문서 및 전자거래 기본법에 따른 전자화문서로 변환하여 보관하는 경우에도 적법한 보관으로 인정됩니다.
조회 방법: 근로자는 회사로부터 발급받은 근로소득 원천징수영수증을 통해 내역을 확인할 수 있으며, 국세청 홈택스에서도 과거 연도의 연말정산 신고 사항을 조회할 수 있습니다. 다만, 홈택스 조회 서비스는 제공 기간에 제한이 있을 수 있으므로 중요한 증빙은 직접 별도로 보관하는 것이 좋습니다.