지방국세청 조사국과 세무서 조사과는 세무조사 대상 법인의 규모와 조사 목적에 따라 그 역할과 관할이 구분됩니다.
지방국세청 조사국은 주로 외형 규모가 큰 기업이나 중요한 탈세 혐의가 있는 경우를 담당합니다. 서울지방국세청을 예로 들면, 조사1국은 대기업 정기조사, 조사2국은 중소기업 정기조사, 조사3국은 상속·증여·양도 관련 조사, 조사4국은 비정기조사 및 범칙조사를 수행하는 등 국별로 전문화된 업무를 수행합니다. 통상 매출액 500억 원 이상의 기업이나 대규모 추징이 예상되는 경우 지방청에서 조사를 실시하며, 전국 단위의 주요 기업에 대한 조사권을 행사하기도 합니다.
세무서 조사과는 주로 중소규모 납세자를 대상으로 정기적인 신고 적정성을 검증하는 업무를 수행합니다. 지방국세청 조사국에 비해 상대적으로 규모가 작거나 일반적인 정기 세무조사 대상 법인을 담당하며, 납세지 관할 세무서장이 세무조사를 수행하는 것이 적절한 경우에 조사를 실시합니다.
세무조사 대상 선정은 국세기본법에 따라 객관적 기준에 의해 공정하게 이루어지며, 납세자는 세무조사를 받는 경우 세무사 등 전문가의 조력을 받을 권리가 있습니다.