건물 매입 시 부가세 매입세액공제를 받지 못한 경우, 건물 매매 시 잔존재화에 대한 부가세를 환급받을 수 있나요?

건물 매입 당시 매입세액 공제를 받지 못한 경우, 해당 건물은 부가가치세법상 '매입세액이 공제되지 않은 재화'에 해당하므로, 추후 매매 시 잔존재화에 대한 부가가치세 환급은 원칙적으로 불가능합니다.

부가가치세 매입세액 공제는 사업자가 과세사업을 위해 재화를 공급받을 때 부담한 세액을 매출세액에서 차감하는 제도입니다. 매입 당시 면세사업 전용, 토지 관련 매입세액, 또는 사업과 직접 관련 없는 지출 등으로 인해 매입세액 공제를 받지 못했다면, 해당 세액은 건물의 취득원가에 산입되어 자산으로 계상됩니다. 이후 건물을 매각할 때도 매입 당시 공제받지 못한 세액을 별도로 환급받거나 공제받을 수 있는 규정은 없습니다.

다만, 다음의 사항을 참고하시기 바랍니다.

• 취득가액 산입: 매입세액 공제를 받지 못한 부가가치세는 해당 자산의 취득가액에 포함되므로, 향후 양도소득세 계산 시 양도가액에서 공제되는 취득가액으로 인정받아 세부담을 줄이는 효과를 얻을 수 있습니다.
• 과세전환 시 특례: 만약 매입 당시 면세사업 등에 사용하여 공제받지 못했던 감가상각자산을 추후 과세사업으로 전환하여 사용하는 경우에는, 경과된 과세기간을 고려하여 일정 금액을 매입세액으로 공제받을 수 있는 '과세전환 감가상각자산 매입세액 공제 특례'가 존재합니다. 이는 매각 시 환급과는 다른 개념으로, 과세사업에 직접 사용하기 시작할 때 적용되는 제도입니다.

결론적으로 매각 시점에 과거에 공제받지 못한 매입세액을 환급받는 절차는 없으며, 해당 세액은 자산의 취득원가로서 양도소득세 계산 시 필요경비로 반영되는 것이 일반적입니다.