세무조사 연기신청은 천재지변이나 납세자가 조사를 받기 곤란한 부득이한 사유가 있을 때 가능하며, 구체적으로는 화재·재해로 인한 사업상 심각한 어려움, 납세자 또는 납세관리인의 질병·장기출장, 권한 있는 기관에 의한 장부·증거서류의 압수·영치 등이 해당합니다. 또한, 위 사유들에 준하는 사유가 있는 경우에도 연기신청을 할 수 있습니다.
연기신청을 하려는 경우, 신청인의 성명과 주소, 연기받으려는 기간 및 사유 등을 기재한 세무조사 연기신청서를 작성하여 조사 개시 전까지 관할 세무관서의 장에게 제출해야 합니다. 신청을 받은 세관장이나 세무서장은 승인 여부를 결정하여 그 결과를 조사 개시 전까지 통지하게 됩니다.
참고로, 세무조사 중지 사유와 연기 사유는 유사하게 운영되는데, 조사 중지 기간 중에는 세무공무원이 과세표준이나 세액 결정을 위한 질문, 장부 검사 및 제출 요구를 할 수 없으며, 해당 중지 기간은 전체 세무조사 기간에 산입되지 않습니다.