임대사업자 등록이 자동말소된 경우, 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 유효한 임대사업자 등록을 유지하고 있지 않으므로 해당 주택은 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 적용받을 수 없습니다.
종합부동산세법상 합산배제 혜택은 임대사업자로서 주택임대업 사업자등록을 유효하게 유지하는 것을 전제로 합니다. 따라서 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 임대사업자 등록이 자동말소되면, 말소된 시점부터는 합산배제 요건을 충족하지 못하는 것으로 보아 더 이상 혜택을 적용받을 수 없습니다.
다만, 폐지 유형 임대주택(단기민간임대주택 및 아파트 장기일반민간 매입임대주택)이 자동말소된 경우에는 임대의무기간을 준수하지 못했더라도 그간 감면받은 종합부동산세액에 대한 추징은 면제됩니다. 이는 사실상 임대의무기간 요건을 충족한 것으로 간주하는 취지입니다.
만약 향후 합산배제 혜택을 다시 적용받고자 한다면, 임대사업자로 재등록하고 재등록 후 임대개시일을 기준으로 합산배제 요건(임대의무기간, 가액, 비조정대상지역 여부 등)을 다시 충족해야 합니다. 이 경우 재등록한 이후의 요건을 기준으로 새롭게 판단하게 됩니다.