장기임대주택 양도 시 「조세특례제한법」 제97조의4에 따라 적용받는 장기보유특별공제 추가공제분은 양도소득세 감면이 아닌 공제율 확대에 해당하므로 농어촌특별세 과세 대상이 아닙니다.
농어촌특별세는 「조세특례제한법」 등에 따라 소득세·법인세·취득세 등이 비과세되거나 세액감면·세액공제 등을 받는 경우 그 감면세액의 일정 비율(통상 20%)을 부과하는 세목입니다. 그러나 장기임대주택에 대한 과세특례는 양도소득세 산출세액 자체를 감면하는 것이 아니라, 양도소득금액 계산 과정에서 장기보유특별공제율을 높여 과세표준을 낮추는 방식입니다. 따라서 별도의 감면세액이 발생하지 않으므로 농어촌특별세 납부 의무가 없습니다.