장기일반민간임대주택 양도 시 양도소득세 감면과 농어촌특별세 과세 관계는 어떻게 되나요?

장기일반민간임대주택 등을 양도하여 「조세특례제한법」 제97조의5에 따른 양도소득세 100% 감면을 적용받는 경우, 해당 감면세액의 20%에 상당하는 금액이 농어촌특별세로 과세됩니다.

농어촌특별세법에 따라 조세특례제한법 등에서 정하는 소득세·법인세·취득세 등의 감면을 받는 경우, 그 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 납부해야 합니다. 장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 감면은 세액 자체를 감면하는 제도이므로, 감면받은 세액의 20%가 농어촌특별세 과세 대상이 됩니다.

다만, 양도소득세 감면이 아닌 장기보유특별공제율 확대(예: 조세특례제한법 제97조의3, 제97조의4 등)를 통해 과세표준을 낮추는 방식의 과세특례는 별도의 감면세액이 발생하지 않으므로 농어촌특별세가 과세되지 않습니다. 따라서 본인이 적용받는 특례가 '세액 감면'인지 '공제율 확대'인지 확인이 필요합니다.