지원받은 훈련비용의 세무 처리는 해당 지원금이 연구·인력개발비 세액공제 대상인지, 그리고 근로소득에 해당하는지에 따라 달라집니다.
내국법인이 인력개발비를 지출한 후 국가로부터 훈련지원금을 전액 수령하는 경우, 해당 지출액은 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않습니다. 또한, 연구개발이나 인력개발이 아닌 고용창출 등을 목적으로 지급받은 지원금을 사용하여 지출한 비용 역시 세액공제 대상에서 제외됩니다. 즉, 세액공제는 실제 법인이 부담한 비용에 대해서만 적용 가능합니다.
법인이 자체기능공 확보 등을 위해 부담하는 훈련경비와 훈련수당은 각 사업연도의 소득금액 계산 시 손금(비용)으로 산입할 수 있습니다. 다만, 이 경우 훈련수당 등의 명목으로 지급되는 현금 및 현물급여는 이를 지급받는 근로자의 근로소득으로 보아 원천징수 대상이 됩니다.