종합소득세 수정신고 시 납부지연가산세는 미납세액에 경과일수와 이자율(1일 10만분의 22)을 곱하여 산출하며, 질문하신 '3%'는 납부지연가산세가 아닌 원천징수 등 납부지연가산세의 일부 항목이나 특정 상황에서 적용되는 별도의 가산세율일 수 있습니다.
종합소득세 수정신고와 관련하여 혼동하기 쉬운 가산세 내용은 다음과 같습니다.
따라서 일반적인 종합소득세 수정신고 시에는 3% 가산세가 부과되지 않으며, 납부지연가산세는 실제 미납 기간에 따라 일할 계산됩니다.