선급금을 수취한 후 용역 완료 시점에 세금계산서를 발행해도 문제가 없는지 궁금합니다.

용역의 공급시기가 도래하기 전에 대가를 미리 받았더라도, 원칙적으로는 대가를 받은 때에 세금계산서를 발급해야 하며, 용역 완료 시점에 세금계산서를 발급하는 것은 원칙적인 발급 시기를 위반한 것으로 보아 가산세 등 불이익이 발생할 수 있습니다.

부가가치세법상 세금계산서 발급은 재화 또는 용역의 공급시기에 하는 것이 원칙입니다. 다만, 공급시기 도래 전이라도 대가의 전부 또는 일부를 받으면 그 받은 때를 공급시기로 보아 세금계산서를 선발급할 수 있는 특례가 있습니다. 반대로, 공급시기가 이미 도래한 이후에 세금계산서를 발급하는 것은 지연발급에 해당합니다.

주요 유의사항

• 원칙적 발급 시기: 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료되는 때입니다. 따라서 대가를 미리 받았더라도 세금계산서는 대가를 받은 때에 발급하는 것이 원칙입니다.
• 지연발급 불이익: 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 세금계산서를 발급하지 않고 그 이후에 발급하는 경우, 공급자는 공급가액의 2%에 해당하는 미발급 가산세를 부담해야 하며, 공급받는 자는 매입세액 공제를 받지 못할 수 있습니다.
• 예외적 인정: 공급시기가 속하는 확정신고기한의 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 발급받는 경우에는 수정신고나 경정청구 등을 통해 매입세액 공제가 가능할 수 있으나, 이 경우에도 공급자에게는 가산세가 부과됩니다.

따라서 대금을 미리 수취한 경우에는 해당 시점에 세금계산서를 발급하여 적법한 공급시기를 확정하는 것이 세무상 불이익을 방지하는 방법입니다. 이미 공급시기가 지난 상황이라면 관할 세무서의 결정·경정 등을 통해 사실관계가 확인되어야 매입세액 공제 여부가 결정되므로 주의가 필요합니다.