원천징수의무자가 근로소득세와 지방소득세를 원천징수하여 납부하지 않은 상태에서 연말정산을 진행하면, 기납부세액이 부족하게 계산되어 근로자에게 과도한 추가 납부세액이 발생하거나, 원천징수의무자에게 납부지연가산세가 부과되는 등 세무상 불이익이 발생합니다.
연말정산은 1년간 납부해야 할 총 근로소득세액(결정세액)에서 이미 납부한 세액(기납부세액)을 차감하여 정산하는 절차입니다. 이때 기납부세액은 원천징수의무자가 매월 급여 지급 시 간이세액표에 따라 원천징수하여 실제로 납부한 세액을 의미합니다.
따라서 원천징수의무자는 미납된 세액을 조속히 납부하고 가산세를 포함하여 정산해야 하며, 근로자에게는 정확한 원천징수영수증을 발급하여 연말정산 결과를 확인하도록 해야 합니다.