부가가치세법상 매입세액 공제 여부는 해당 재화나 용역이 사업자의 과세사업을 위해 사용되는지 여부를 기준으로 판단하며, 해당 사업 활동의 적법성이나 법률 위반 여부는 매입세액 공제 요건과 직접적인 관련이 없습니다.
부가가치세법은 사업자가 자기의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있습니다. 이때 공제되지 않는 매입세액은 법령에 명시된 불공제 사유(사업과 직접 관련 없는 지출, 비영업용 승용자동차, 접대비, 면세사업 관련 매입세액, 토지 관련 매입세액 등)에 해당하는 경우로 한정됩니다.
따라서 해당 사업자가 과세사업을 영위하고 있고, 구입한 기기가 해당 사업의 영업용 자산으로 사용된다면, 그 행위가 의료법 등 타 법률을 위반하였는지 여부와 관계없이 부가가치세법상 매입세액 공제 요건을 충족하는 것으로 봅니다. 다만, 이는 부가가치세법상의 판단이며, 해당 행위가 타 법률을 위반한 경우라면 그에 따른 별도의 법적 책임이나 행정 처분은 별개로 발생할 수 있습니다.