연말정산 시 소득공제 신청을 하였음에도 실제 공제를 받지 않았다면, 해당 항목에 대해 세금을 과다하게 납부한 상태이므로 추징세액이 발생하지 않으며 오히려 경정청구를 통해 환급받을 수 있습니다.
연말정산에서 소득공제나 세액공제를 누락하여 세금을 더 많이 낸 경우에는 납세자가 직접 관할 세무서에 경정청구를 하여 과다 납부한 세액을 돌려받을 수 있습니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 가능하며, 홈택스를 통해 간편하게 신청할 수 있습니다.
반대로, 소득공제나 세액공제를 실제 요건보다 과다하게 받아 세금을 적게 낸 경우에는 추징세액과 함께 가산세가 발생할 수 있으나, 질문하신 것처럼 공제 신청을 했음에도 실제 공제를 받지 않은 경우는 과다 공제에 해당하지 않으므로 추징 대상이 아닙니다.
따라서 현재 상황은 추징을 걱정하실 필요가 없으며, 오히려 누락된 공제 항목을 확인하여 환급 신청을 진행하시는 것이 유리합니다.