부동산매매업자의 비교과세 계산식에 종합소득세가 합산되는 이유는 부동산 매매차익을 사업소득으로 보아 종합소득세율을 적용하되, 양도소득세 중과세율 적용 대상 자산에 대해서는 양도소득세 방식과 비교하여 더 높은 세액을 납부하도록 함으로써 조세 회피를 방지하고 과세 형평성을 유지하기 위함입니다.
부동산매매업자는 원칙적으로 부동산 매매차익을 사업소득으로 보아 종합소득세율(6%~45%)을 적용받습니다. 그러나 소득세법 제64조에 따라 양도소득세 중과 대상 자산(조정대상지역 내 다주택자 주택, 비사업용 토지 등)을 양도할 때는 일반적인 종합소득세 방식과 양도소득세 방식을 비교하여 더 큰 금액을 세액으로 결정합니다.
종합소득 산출세액은 다음 두 가지 세액 중 큰 금액으로 결정됩니다.
이처럼 비교 세액을 계산할 때 주택등매매차익을 제외한 나머지 소득에 대해 종합소득세율을 적용하는 것은, 부동산 매매업자의 전체 소득 중 부동산 매매 외의 다른 소득(근로소득, 이자·배당소득 등)에 대해서는 정상적인 종합소득세 과세 체계를 유지하기 위함입니다. 즉, 부동산 매매차익에 대해서만 양도소득세 중과세율과의 비교를 통해 세부담을 조정하고, 나머지 소득은 본래의 종합소득세 과세 원칙을 따르는 것입니다.