크린룸 공사는 부가가치세가 과세되는 건설용역에 해당하며, 조세특례제한법 등에서 정하는 면세 대상인 '국민주택 건설용역'이나 '공익 목적의 건설용역' 등에 해당하지 않는 한 부가가치세 면제를 적용받을 수 없습니다.
부가가치세법상 건설업은 원칙적으로 과세 대상이며, 면세가 적용되는 건설용역은 법령에 열거된 특정 요건(국민주택 규모 이하의 주택 건설, 특정 공익단체가 수행하는 사업 등)을 충족해야 합니다. 크린룸은 주로 산업용 시설이나 연구 시설 등에 설치되는 특수 설비로, 일반적인 주거용 국민주택 건설용역의 범위에 포함되지 않으므로 부가가치세가 과세됩니다.
따라서 크린룸 공사를 수행하는 사업자는 해당 용역 공급 시 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 발급해야 하며, 공사비에 부가가치세 10%가 별도로 부과됩니다.