조세특례제한법상 조세특례의 제한 및 적용 근거는 제3조(조세특례의 제한)를 통해 확인할 수 있습니다. 이 조항은 조세특례를 정할 수 있는 법률의 범위를 명시하고 있으며, 감면되는 조세의 범위에서 가산세와 양도소득세는 원칙적으로 제외됨을 규정하고 있습니다.
또한, 개별적인 조세지원제도나 감면 요건은 해당 제도의 성격에 따라 조세특례제한법 내의 각 장과 절에서 규정하고 있습니다. 예를 들어, 중소기업에 대한 특별세액감면은 제7조, 연구·인력개발비 세액공제는 제10조, 통합투자세액공제는 제24조 등에서 각각 확인할 수 있습니다.