특허 출원 후 최종적으로 등록이 거절된 경우, 해당 출원을 위해 지출하여 선급금 등으로 계상해 두었던 비용은 미래 경제적 효익을 기대할 수 없게 되었으므로 발생한 기간의 당기 비용(판관비 등)으로 처리해야 합니다.
특허권은 등록이 완료되어야 자산으로서의 실질적인 통제권과 미래 경제적 효익이 확정되는데, 등록이 거절되면 자산 인식 요건을 충족하지 못하게 됩니다. 따라서 기업회계기준 및 법인세법상 업무 수행 과정에서 발생한 통상적인 비용으로 보아, 이를 자산에서 제거하고 전액 손금(비용)으로 산입하는 것이 타당합니다.
실무적으로는 특허 거절이 확정된 시점에 즉시 비용으로 처리해야 하며, 장기간 자산으로 방치할 경우 회계 감리 시 지적 사항이 될 수 있으므로 주의가 필요합니다.
