국고보조금을 재원으로 한 매입세액이 불공제되는 경우는 언제인가요?

국고보조금을 재원으로 재화나 용역을 공급받은 경우, 해당 매입세액은 사업자가 과세사업에 사용할 목적으로 공급받은 것인지 여부에 따라 공제 여부가 결정됩니다. 공급대가의 재원이 국고보조금인지 여부는 매입세액 공제 판단의 직접적인 기준이 되지 않으며, 원칙적으로 세금계산서를 적법하게 수취했다면 공제가 가능합니다.

다만, 다음과 같은 경우에는 매입세액이 불공제됩니다.

• 면세사업 또는 비과세사업 관련 지출: 국고보조금을 재원으로 하더라도 해당 지출이 부가가치세가 면제되는 재화·용역을 공급하는 사업이나 비과세사업에 직접 사용되는 경우, 관련 매입세액은 공제되지 않습니다.
• 사업과 직접 관련 없는 지출: 사업자의 업무와 무관한 자산의 취득·관리비용이나 접대비 등 사업과 직접 관련이 없는 지출에 사용된 경우 공제받을 수 없습니다.
• 세금계산서 미수취 또는 부실기재: 적법한 세금계산서를 발급받지 않았거나, 필요적 기재사항이 누락·사실과 다르게 기재된 경우(단, 예외적으로 거래사실이 확인되는 경우는 제외)에는 공제 대상에서 제외됩니다.
• 사업자등록 전 매입세액: 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 원칙적으로 공제되지 않습니다. (단, 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 등록 신청한 경우 등 예외 존재)

과세사업과 면세·비과세사업을 겸영하는 사업자가 국고보조금을 재원으로 공통으로 사용하는 재화·용역을 공급받은 경우에는, 해당 매입세액을 과세사업과 면세사업등의 공급가액 비율에 따라 안분계산하여 면세사업등에 귀속되는 부분만큼은 불공제 처리해야 합니다. 이때 면세공급가액등에는 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금 및 공공보조금 합계액을 포함하여 계산합니다.