합병 후 존속법인인 B회사가 소멸법인 A회사의 원천징수 의무를 승계하여 B회사의 명의로 세금을 납부하는 것은 법령에 따른 적법한 절차입니다.
법인이 합병하는 경우, 합병 후 존속하는 법인(B회사)은 합병으로 소멸된 법인(A회사)에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 지방세를 포괄적으로 승계합니다. 따라서 A회사의 9월 귀속분 원천세 및 지방소득세 납부 의무 역시 B회사로 이전되며, B회사는 승계된 납세의무자로서 자신의 명의로 신고 및 납부 절차를 이행할 수 있습니다.
합병등기일(10월 1일) 이전에 발생한 원천징수 의무는 소멸법인의 사업연도 내에 발생한 것이므로, B회사가 A회사의 지위를 승계하여 적법하게 신고 및 납부하시기 바랍니다.