카카오페이머니와 같은 간편결제 서비스를 통해 결제한 매출분은 신용카드매출전표등 발행금액 집계표상 '직불·기명식 선불전자지급수단'란에 기재하여 신고하여야 하며, 해당 결제 건에 대해 별도로 세금계산서를 발급할 수 없습니다.
부가가치세법상 재화나 용역을 공급하고 신용카드매출전표, 현금영수증, 또는 전자금융거래법에 따른 선불전자지급수단(카카오페이머니 등)으로 결제받은 경우에는 세금계산서 발급 의무가 면제됩니다. 따라서 이미 간편결제 수단으로 결제가 완료된 건에 대하여 세금계산서를 중복으로 발급하는 것은 원칙적으로 금지됩니다.
만약 공급시기에 세금계산서를 먼저 발급한 후 대금을 카카오페이머니 등으로 결제받은 경우에는 세금계산서로 부가가치세를 신고·납부하여야 하며, 이 경우 신용카드매출전표등 발행금액 집계표에는 세금계산서 발급 금액으로 기재하여 이중 매출로 잡히지 않도록 주의해야 합니다. 반대로 결제 시점에 이미 신용카드매출전표등(간편결제 내역 포함)이 발급되었다면, 해당 증빙을 기준으로 신고하는 것이 원칙입니다.