개인종합자산관리계좌(ISA)에 1,000만 원을 입금하는 것만으로는 연말정산 시 직접적인 세액공제 혜택이 발생하지 않습니다. ISA의 주요 세제 혜택은 계좌 내에서 발생한 이자·배당소득에 대한 비과세 및 저율 분리과세이며, 연말정산 세액공제는 ISA 만기 시 해당 자금을 연금계좌로 전환할 때 적용됩니다.
주의할 점은 ISA 전환금액에 대한 추가 세액공제는 연금계좌로 전환한 연도에만 적용된다는 점입니다. 또한, ISA 계좌 내에서 발생한 수익에 대한 비과세 혜택은 연금계좌 전환 여부와 관계없이 계좌 유지 기간 동안 적용됩니다.