내일채움공제 불입 시 연구원이 아닌 근로자의 급여도 연구인력개발세액공제 대상인지와 주식회사의 주주가 10% 미만 소유 시에도 제외되는지 궁금합니다.

내일채움공제 기업부담금 납입비용은 연구·인력개발비 세액공제 대상 비용에 포함될 수 있으나, 연구원이 아닌 일반 근로자의 급여나 내일채움공제 납입액은 원칙적으로 연구·인력개발비 세액공제 대상이 아닙니다. 또한 주주인 임원이 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하게 되는 경우는 제외되지만, 10% 미만 소유만으로는 그 사유만으로 자동 제외되지 않습니다. 다만 10% 초과 소유 주주 및 그 특수관계인에 해당하면 제외되므로, 10% 미만이더라도 특수관계인 해당 여부에 따라 제외될 수 있습니다.

1. 연구원이 아닌 근로자의 급여·내일채움공제 납입액

• 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비는 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구전담요원·연구보조원 및 연구개발서비스업 전담요원의 인건비로 한정됩니다.
• 내일채움공제 납입비용은 중소기업 핵심인력 성과보상기금 납입비용으로서 인력개발비 항목에 포함될 수 있으나, 이는 연구·인력개발 관련 비용으로 인정되는 범위 내입니다. 연구원이 아닌 일반 근로자의 급여나 그 근로자에 대한 내일채움공제 납입액을 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보기는 어렵습니다.
• 내일채움공제의 경우 특수관계인 지출 비용과 5년 이내 중도해지 환급금은 공제 대상에서 제외됩니다.

2. 주주 10% 미만 소유 시 제외 여부

• 주주인 임원으로서 다음 중 하나에 해당하면 연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비에서 제외됩니다. ① 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하게 되는 자 ② 해당 법인의 주주로서 지배주주등 및 총발행주식의 10%를 초과하여 소유하는 주주 ③ 위 ②에 해당하는 자(법인 포함)의 특수관계인. 다만 법인세법 시행령 제2조제8항제7호에 해당하는 자가 해당 법인의 임원인 경우는 제외
• 따라서 총발행주식 10% 미만 소유라는 사실만으로는 위 제외 사유에 바로 해당하지 않습니다. 그러나 10% 초과 소유 주주 또는 그 특수관계인에 해당하면 제외되므로, 10% 미만이더라도 특수관계인 관계 여부에 따라 제외될 수 있습니다.
• 사업연도 중 주식 취득으로 10%를 초과하게 되어 제외 사유가 발생한 경우, 그 제외 사유 발생일 이전 기간에 상당하는 인건비는 세액공제를 적용할 수 있습니다.

3. 실무 확인 포인트

• 해당 근로자가 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구전담요원·연구보조원 또는 연구개발서비스업 전담요원에 해당하는지
• 주주인 임원인 경우 10% 초과 소유 여부 및 특수관계인 해당 여부
• 내일채움공제 납입액이라면 특수관계인 지출 여부 및 5년 이내 중도해지 환급금 포함 여부
• 연구소·전담부서 등록 전 지출 비용, 행정사무 담당 또는 겸직 여부 등 불인정 사유 해당 여부

위 내용은 제공된 자료에 근거한 일반 안내이며, 실제 적용 여부는 기업의 전담부서 등록 현황, 근로자의 연구업무 종사 여부, 주주·특수관계인 관계, 납입비용의 성격 등 개별 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.