과세전통지 없이 과세처분청구서가 도착한 경우 절차적 하자로 무효 처리가 가능한지, 그리고 2021년 2기부터 2023년 1기까지 소실된 임차료 종이세금계산서를 이체내역서로 증빙할 수 있는지 궁금합니다.

과세전통지를 받지 못한 상태에서 과세처분청구서가 도착한 경우, 그 과세처분이 곧바로 당연무효가 된다고 단정하기는 어렵습니다. 과세예고통지는 원칙적으로 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우 등 일정한 과세에서 납세자의 절차적 권리 보호를 위해 요구되는 사전통지이고, 이를 거치지 않은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해한 중대한 하자가 있는 위법한 처분으로 평가될 수 있습니다. 다만 그 하자가 당연무효에 이를 정도인지는 통지 생략이 허용되는 예외 사유에 해당하는지, 과세처분의 성질과 하자의 정도 등을 함께 살펴야 하므로, 받은 서류의 종류와 통지 경위, 세액 규모, 제척기간 등을 확인해 보아야 합니다.

한편 과세전적부심사는 세무조사 결과 서면통지나 과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 해당 통지를 한 세무서장·지방국세청장에게 청구하는 절차이고, 법령해석 변경이 필요하거나 새로운 해석이 필요한 경우, 국세청장 감사지적에 따른 과세예고통지, 청구금액 5억원 이상, 감사원 시정요구 관련 과세처분 중 시정요구 전 소명안내를 받지 못한 경우 등에는 국세청장에게도 청구할 수 있습니다. 과세전적부심사 청구 부분에 대해서는 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정·경정 결정이 유보되는 효력이 있습니다. 다만 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 과세예고통지라도 감사원 시정요구에 따른 과세처분으로서 시정요구 전에 소명안내를 받은 경우 등은 과세예고통지 대상에서 제외될 수 있습니다.

임차료 종이세금계산서가 동파·물난리 등으로 소실된 경우, 이체내역서만으로는 부가가치세 매입세액 공제를 위한 정규 증빙으로 보기 어렵습니다. 부가가치세법상 세금계산서는 공급자의 등록번호·성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일 등을 적은 계산서이며, 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적혔더라도 나머지 기재사항이나 임의적 기재사항으로 거래사실이 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 매입세액 공제가 허용될 수 있습니다. 그러나 단순히 계좌이체 내역만 있는 상태는 거래사실과 사업 관련성을 충분히 입증하기 어려우므로, 계약서·거래명세서·임대차계약서·복구 관련 자료 등 보조 자료와 함께 거래사실을 확인할 수 있어야 합니다.

2021년 제2기부터 2023년 제1기까지 임차료 세금계산서가 절반 정도 분실·소실된 상황이라면, 과세기간별로 공급시기와 확정신고기한, 세금계산서 발급·수취 시점, 실제 거래사실 입증 자료가 남아 있는지를 구분해 확인해야 합니다. 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 발급받은 경우 등 일정 요건을 충족하면 매입세액 공제가 가능한 경우가 있고, 확정신고기한이 지난 후 발급받은 세금계산서라도 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고 수정신고·경정청구와 함께 제출하거나 과세관청이 결정·경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖추면 공제가 허용될 수 있습니다. 다만 이 경우에도 거래사실이 확인되어야 하고, 지연수취에 따른 가산세가 적용될 수 있습니다.

따라서 현재 받은 과세처분청구서의 성격(과세예고통지인지, 고지서인지, 경정청구 관련 서류인지), 세액 규모, 통지 방식과 수령 시점, 그리고 소실된 임차료 거래의 실제 공급시기와 증빙 잔존 여부를 먼저 정리한 뒤, 과세전적부심사 청구 가능 여부와 매입세액 공제 가능성을 함께 검토하는 것이 바람직합니다. 과세전적부심사는 고지 전 단계에서 통지 내용의 적법성을 다툴 수 있는 절차이고, 고지 후에는 이의신청·심사청구·심판청구 등 사후 불복 절차를 이용할 수 있으며, 이 경우 처분을 안 날 또는 통지받은 날부터 90일 이내에 진행해야 하므로 기한을 놓치지 않도록 주의해야 합니다.