배달 음식점의 농수산물 매입에 대한 의제매입세액 공제는 어떻게 적용되나요?

배달 음식점을 운영하는 일반과세자라면, 부가가치세가 면제된 농·축·수·임산물을 원재료로 사용해 과세되는 음식용역을 공급하는 경우 그 매입가액의 일정 비율을 매입세액으로 의제해 공제받을 수 있습니다. 다만 이 공제는 일반과세자에게만 적용되고, 간이과세자는 2021년 7월 1일 이후 공급받거나 수입 신고하는 분부터 적용되지 않습니다.

적용 요건은 다음과 같습니다.

• 사업자등록을 한 부가가치세 과세사업자일 것
• 부가가치세가 면제된 농산물·축산물·수산물·임산물(탈곡·정미·제분·정육·건조·냉동·염장·포장 등 원생산물 본래 성질이 변하지 않는 정도의 1차 가공을 거친 것, 미가공식료품, 소금 포함)을 공급받았을 것
• 그 면세 원재료를 사용해 재화를 제조·가공하거나 용역을 창출했을 것
• 그 결과 공급한 재화 또는 용역이 과세될 것

공제액은 면세농산물등의 가액 × 공제율로 계산합니다. 이때 가액은 운임 등 부대비용을 제외한 매입원가를 기준으로 하고, 수입한 경우에는 관세의 과세가격을 기준으로 합니다.

음식점업의 공제율은 사업자 유형에 따라 다릅니다.

• 개인사업자(과세유흥장소 제외): 8/108, 다만 과세표준 2억원 이하인 경우 2026년 12월 31일까지 9/109
• 법인사업자: 6/106
• 과세유흥장소 경영자: 2/102

공제한도도 함께 적용됩니다. 개인 음식점업자는 해당 과세기간 과세표준에 다음 비율을 곱한 금액을 한도로 합니다.

• 과세표준 1억원 이하: 75%
• 1억원 초과 2억원 이하: 70%
• 2억원 초과: 60% 법인사업자는 과세표준의 50%가 한도입니다. 이 우대 한도는 2027년 12월 31일까지 적용됩니다.

공제를 받으려면 의제매입세액 공제신고서와 함께 매입처별 계산서합계표, 신용카드매출전표등 수령명세서, 매입자발행계산서합계표 중 해당하는 서류를 제출해야 합니다. 다만 제조업을 영위하는 사업자가 농어민으로부터 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만 제출해도 됩니다. 음식점업은 이에 해당하지 않으므로 계산서나 신용카드매출전표등 증빙이 필요합니다.

주의할 점도 있습니다.

• 면세로 공급받은 농산물을 그대로 양도하거나 면세사업 등에 사용하면 이미 공제받은 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제해야 합니다.
• 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 실지귀속에 따라 공제 대상을 구분하고, 불분명한 부분은 공통매입세액 안분 규정을 준용해 안분합니다.
• 면세농산물등 자체가 부패해 사용하지 못한 경우는 공제 대상이 아니지만, 그 원재료로 제조·생산한 과세재화가 부패·폐기되거나 화재로 소실된 경우에는 공제가 가능합니다.

배달 음식점이라고 해서 공제 방식이 달라지지는 않으며, 실제 음식 조리·제공에 사용된 면세 농수산물 매입분이면 위 요건에 따라 공제받을 수 있습니다. 다만 과세표준 구간, 사업자 유형, 증빙 구비 여부에 따라 공제율과 한도가 달라지므로 신고 시 해당 과세기간의 매출액과 제출 서류를 함께 확인하는 것이 좋습니다. 최신 개정 사항은 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.