경상연구개발비에서 인건비는 100% 세액공제 대상으로 반영되나요?

경상연구개발비 인건비라고 해서 무조건 100% 세액공제 대상으로 반영되는 것은 아닙니다. 인건비는 근로 제공의 대가라는 점에서 원칙적으로 연구·인력개발비 범위에 포함될 수 있지만, 제외되는 인건비 항목과 연구전담 요건을 충족하지 못하는 사람의 인건비가 섞여 있으면 그 부분은 빠집니다.

1. 인건비라도 대상에서 빠지는 항목

• 퇴직소득, 퇴직급여충당금, 복리후생비는 인건비에 포함되지 않습니다.
• 퇴직연금보험료처럼 퇴직급여 성격이 있어 해당 과세연도의 연구·인력개발에 직접 대응하는 비용으로 보기 어려운 항목도 불인정될 수 있습니다.

2. 사람 기준으로 빠지는 경우

• 연구소·전담부서에 있어도 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정사무만 담당하면 제외됩니다.
• 6개월 이상 연구에 참여할 수 없는 사람, 일반대학원(주간) 학위과정을 수학하는 사람(기업 연구개발활동과 관련된 박사학위과정으로 연구활동에 지장이 없는 경우 제외), 산업기능요원·산업연수생으로 복무 중인 사람 등은 전담연구원으로 인정되기 어렵습니다.
• 연구소장이라도 개별 과제를 직접 수행하거나 연구 내용을 실질적으로 관리·감독한 것이 아니라 보고·관리가 주된 업무라면 공제 대상으로 보기 어렵습니다.
• 관리직원처럼 연구 직접 수행이나 직접 보조가 아니라 행정 지원만 하는 경우도 제외됩니다.

3. 겸직·연구 외 업무가 있으면 제외될 수 있음

• 생산, A/S, 구매, 마케팅, 기술영업 등 연구 외 업무를 겸직하거나 병행하면 연구활동 전담 인원으로 보기 어려워 제외될 수 있습니다.
• 개발 제품의 시연 등 기술지원을 반복적으로 수행하는 경우도 전담연구원으로 인정되지 않을 수 있습니다.
• 이중근로를 했더라도 실제로 전담부서에서 연구업무에 종사했고 회사가 인건비를 지출했다면 인정될 여지가 있으나, 이는 실제 근무 실태에 따라 달라집니다.

4. 주주인 임원 등 특수관계 관련 제외

• 주주인 임원으로서 다음 중 하나에 해당하면 그 인건비는 제외됩니다.
  • 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하면 해당 법인 총발행주식의 100분의 10을 초과해 소유하게 되는 사람
  • 해당 법인의 주주로서 지배주주등 및 총발행주식의 100분의 10을 초과해 소유하는 주주
  • 위 주주에 해당하는 자(법인 포함)와 특수관계인인 사람
• 다만 특수관계 관련 규정상 특정 계열회사의 임원이 해당 법인의 임원인 경우 등은 제외될 수 있습니다.

5. 비용 성격과 등록 시점도 중요

• 수탁연구를 대신 수행한 연구원의 인건비는 원칙적으로 위탁업체 쪽 연구비용이므로 공제 대상이 아닙니다. 다만 합리적 안분방법에 따라 자체연구 부분은 인정될 수 있습니다.
• 정부출연금으로 지출한 연구개발비 또는 인력개발비는 세액공제 대상에서 제외됩니다.
• 연구소·전담부서 등록 전에 지출한 비용은 연구전담요원이 연구만 했더라도 공제 대상이 아닙니다.
• 등록되지 않은 연구소·전담부서에서 연구를 수행한 경우도 공제 대상에 해당하지 않습니다.

6. 인건비가 인정되는 전형적인 모습

• 연구전담요원이 연구노트 등 증빙을 체계적으로 작성·관리하고, 관련 특허 취득내역 등으로 연구개발활동 수행이 확인되면 인건비 세액공제가 인정될 수 있습니다.
• 직무발명보상금은 종업원 또는 종업원 외의 자에게 지출하는 경우 공제대상으로 규정되어 있어, 자체 보상금 산정기준에 따라 지급한 금액은 인정될 수 있습니다.
• 정부지원 연구과제를 수행하는 연구전담요원의 인건비는 민간부담금 만큼 세액공제가 인정될 수 있습니다.

정리하면, 경상연구개발비 인건비라고 해서 전부 100% 반영되는 것은 아니고, ① 인건비 자체에서 제외되는 금액, ② 연구전담 요건을 못 갖춘 사람, ③ 연구 외 업무 겸직자, ④ 행정·지원만 하는 사람, ⑤ 일정 요건을 충족하는 주주인 임원 등이 섞여 있으면 그 부분은 빠집니다. 실제 반영 범위는 근무 실태, 등록 상태, 지급 명목, 과제 수행 여부 같은 개별 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.