비영리 사단법인이 기업부설연구소를 운영하며 법인세 감면을 받는 경우 고유목적사업준비금을 설정할 수 있나요?

비영리 사단법인이 기업부설연구소 운영으로 법인세 감면을 받고 있다면, 그 감면이 수익사업 소득에 대한 비과세·면제·준비금 손금산입·소득공제·세액감면(세액공제 제외)에 해당하는 경우 고유목적사업준비금은 설정할 수 없습니다.

핵심은 감면의 종류와 적용 대상 소득입니다.

• 법인세법 제29조제8항과 법인세법 시행령 제56조제8항에 따르면, 비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대해 법인세법 또는 조세특례제한법에 따른 비과세·면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제는 제외)을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없습니다. 다만 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 예외입니다.
• 즉, 기업부설연구소 관련 감면이 수익사업 소득에 대한 세액감면 등이라면, 같은 수익사업 소득에 대해 고유목적사업준비금과 감면을 함께 적용할 수 없다는 구조입니다.

다만 아래 경우는 구분해서 봐야 합니다.

• 감면이 수익사업 소득이 아닌 부분에만 적용되거나, 고유목적사업준비금과 충돌하지 않는 유형의 감면이라면 설정 가능성이 달라질 수 있습니다.
• 고유목적사업준비금 자체는 비영리내국법인과 일정 요건을 갖춘 법인으로 보는 단체 등만 설정할 수 있고, 당기순이익과세를 적용받는 조합법인이나 청산 중인 비영리내국법인 등은 설정 대상에서 제외됩니다.
• 감면과 준비금 중 하나만 선택해야 하는 상황인지, 수정신고로 고유목적사업준비금만 적용받는 것으로 정리할 수 있는지는 실제 신고 내용과 감면 근거를 확인해야 합니다.

실무적으로는 다음 순서로 확인하시면 됩니다.

1. 현재 적용 중인 법인세 감면이 어떤 조문인지 확인합니다.
2. 그 감면이 수익사업 소득에 대한 비과세·면제·준비금 손금산입·소득공제·세액감면(세액공제 제외)에 해당하는지 확인합니다.
3. 해당한다면 고유목적사업준비금 설정은 어렵고, 해당하지 않는다면 설정 요건(설정 대상 법인, 한도, 사용 목적 등)을 별도로 검토해야 합니다.

정확도 판단 근거로는 법인세법 제29조제1항·제8항, 법인세법 시행령 제56조제1항·제8항, 조세특례제한법 제74조 및 관련 해설서 내용이 참고됩니다. 최신 개정 사항은 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.