수정신고로 추가 납부해야 하는 세액은 환급받은 40만원을 포함한 160만원이 아니라, 수정신고로 새로 계산된 본세 120만원에서 이미 납부한 세액 등을 차감한 부족액을 기준으로 판단합니다. 환급받은 40만원은 별도로 더해서 160만원을 내는 구조가 아니라, 당초 신고·납부 내역과 수정신고 후 세액을 비교해 실제로 덜 낸 금액이 있으면 그 부족분과 그에 따른 가산세를 추가 납부하는 방식입니다.
수정신고 시 추가납부세액의 기준은 수정신고로 확정된 세액과 이미 납부한 세액의 차이입니다. 따라서 환급받은 40만원을 무조건 본세에 더해 160만원을 납부하는 것은 아닙니다.
다만 가산세 계산에서는 환급세액을 다시 납부해야 하는 경우 그 금액도 본세의 일부로 볼 수 있습니다. 과소신고가산세의 기준이 되는 과소신고납부세액등은 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액을 뜻하므로, 환급받은 40만원이 초과환급에 해당한다면 가산세 산정 시 그 금액이 포함될 수 있습니다.
납부지연가산세는 법정납부기한까지 납부하지 않거나 적게 납부한 경우 미납·과소납부 세액을 기준으로 계산합니다. 환급받아야 할 세액보다 많이 환급받은 경우에도 초과환급받은 세액을 기준으로 같은 방식의 납부지연가산세가 적용될 수 있습니다.
수정신고를 하면 과소신고·초과환급신고 가산세를 일정 비율 감면받을 수 있습니다. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내 90%, 1개월 초과 3개월 이내 75%, 3개월 초과 6개월 이내 50%, 6개월 초과 1년 이내 30%, 1년 초과 1년 6개월 이내 20%, 1년 6개월 초과 2년 이내 10% 감면이 적용됩니다. 다만 과세관청이 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우에는 감면이 적용되지 않습니다.
수정신고로 추가납부세액이 발생하면 그 금액을 납부해야 하며, 수정신고 사유를 증명할 수 있는 서류를 함께 제출해야 합니다. 지방소득세의 경우 소득세 수정신고 내용을 증명하는 서류를 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 제출해야 하고, 추가납부세액은 정해진 납부서로 납부합니다.
결론적으로, 환급받은 40만원을 본세 120만원에 단순 합산해 160만원을 납부하는 것은 아니고, 수정신고로 확정된 세액과 기납부 세액의 차이에 따라 실제 추가납부할 본세와 가산세를 계산해 납부하는 구조입니다. 다만 환급세액이 초과환급에 해당한다면 가산세 계산 시 그 금액이 포함될 수 있으므로, 어떤 신고·납부 의무 위반으로 환급세액을 다시 내게 되었는지에 따라 가산세 적용 방식이 달라질 수 있습니다.