벤처기업 확인 수수료 외에 다른 정부 지원금도 매입세액 공제가 가능한가요?

국고보조금이나 정부 지원금을 재원으로 재화·용역을 공급받더라도, 그 매입세액이 자기의 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 것이고 부가가치세법상 매입세액 불공제 사유에 해당하지 않으면 매입세액 공제가 가능합니다. 핵심은 지원금의 재원이 무엇인지보다, 그 매입이 과세사업에 쓰이는지입니다.

• 과세사업에 사용된 경우: 국고보조금·정부출연금 등을 받아 그 대가로 과세사업용 재화·용역을 공급받고 세금계산서를 수취했다면, 불공제 대상이 아닌 한 매입세액 공제가 가능합니다. 공급대가의 재원이 정부출연금인지 여부는 공제 여부와 무관합니다.
• 면세사업등에 사용된 경우: 면세사업이나 면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액은 공제되지 않습니다. 국고보조금이 면세사업등에 사용되었다면 그 관련 매입세액은 불공제로 봅니다.
• 비과세사업 관련 사용: 재화·용역의 공급과 직접 관련되지 않는 국고보조금·공공보조금 등은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않으며, 이와 관련된 매입세액도 과세사업 관련 매입세액으로 보기 어려워 공제되지 않는다는 해석이 있습니다.
• 공통매입세액 안분 시: 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우, 면세사업등과 관련해 받았으나 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금·공공보조금 등은 면세공급가액등에 포함하여 공통매입세액을 안분합니다(2018.2.13. 이후 공급분). 다만 과세사업 관련이거나 어느 사업 관련인지 불분명한 보조금은 면세공급가액 포함 여부가 분명하지 않을 수 있어 유권해석 확인이 필요할 수 있습니다.

따라서 벤처기업 확인 수수료뿐 아니라 다른 정부 지원금도 과세사업 관련 매입이면 공제 가능성이 있고, 면세·비과세사업 관련이면 불공제로 판단될 수 있습니다. 실제 판단은 해당 지원금의 사용 목적, 사업의 과세/면세 구분, 매입세액의 실지귀속에 따라 달라지므로, 지원금 성격과 사업 내용을 함께 확인해야 합니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.