계속·반복적으로 인적용역을 제공받는 외주 계약이라면 지급 시 사업소득세 3%와 지방소득세 소득분 0.3%를 원천징수하는 것이 원칙이므로, 실무상 3.3%를 제하는 방식 자체가 틀렸다고 보기는 어렵습니다. 다만 3.3%를 제했다는 것만으로 모든 세금 문제가 끝나는 것은 아니고, 그 소득이 정말 사업소득인지 먼저 구분해야 합니다.
결론적으로, 지속적인 업무외주이고 소득 구분이 사업소득에 해당한다면 3.3%를 제하는 것 자체가 문제 된다고 보기는 어렵습니다. 다만 실제 용역 제공 방식이 계속·반복적인지, 독립된 자격인지, 고용관계가 없는지에 따라 소득 구분이 달라질 수 있으므로, 그 판단에 따라 원천징수 여부와 세율, 이후 종합소득세 신고까지 함께 확인하시는 것이 좋습니다.