세무사가 계약 종료 고객의 장부·증빙서류를 보관하는 것 자체는 국세기본법 제85조의3만으로 금지되지 않습니다. 다만 이 조항은 납세의무자(납세자)가 자신의 거래에 관한 장부·증거서류를 법정신고기한이 지난 날부터 5년간(역외거래는 7년간) 보존하도록 정한 규정이므로, 세무사가 고객을 대신해 보관하더라도 보존의무와 보존기간의 기준은 원래 납세의무자와 해당 거래의 과세기간을 기준으로 판단해야 합니다.
실무적으로는 세무사가 보관한다는 사실보다 ① 누구의 거래인지, ② 어느 과세기간의 거래인지, ③ 법정신고기한 기준 보존기간이 지났는지, ④ 전산·전자화 보관 시 요건을 충족하는지가 더 중요합니다. 또한 장부·증빙에는 고객 개인정보가 포함될 수 있으므로, 보존기간이 지난 뒤 파기할 때는 개인정보보호법 등 다른 법령상 파기 의무와 분리 보관 요건도 함께 확인해야 합니다.
계약 종료 후 보관 가능 여부만 보면 원칙적으로 가능하지만, 보존의무 주체와 기간, 보관 방법 요건, 개인정보 처리는 별도로 검토해야 하며, 구체적인 보관 범위와 기간은 해당 거래의 세목·과세기간·법정신고기한을 기준으로 확인하는 것이 필요합니다.