홈택스로 삭제요청이 불가능한 경우에는 관할세무서에 서면으로 삭제요청을 해야 합니다.
이미 제출된 지급명세서를 삭제하려면 '세금신고 삭제요청서'를 작성하여 홈택스 또는 관할세무서에 제출해야 합니다. 다만 홈택스로 삭제요청서를 제출할 수 있는 기한은 제출기한 마감일 + 2일 경과 전까지로 제한됩니다. 이 기한이 지나면 홈택스를 통한 삭제요청은 할 수 없고, 관할세무서에 서면으로 제출해야 합니다.
관할세무서에 제출할 때는 홈택스 홈페이지 하단의 [자료실]에서 [세금신고 삭제요청서 서면 제출 양식]을 내려받아 작성한 뒤 관할세무서에 제출하면 됩니다.
참고로 제출기한이 지난 지급명세서는 홈택스로 제출할 수 없고 서면이나 전산매체로 작성해 관할세무서에 제출해야 하며, 이미 제출한 지급명세서에 수정사항이 생긴 경우에도 지급명세서를 수정해 원천징수 관할 세무서에 제출하는 방식으로 처리합니다. 실무적으로는 근로소득 경정청구·수정신고·인정상여처분 등에 따라 지급명세서 수정이 발생하는 경우가 많습니다.
삭제요청이 실제로 받아들여지는지, 삭제 대신 수정제출이 필요한 상황인지는 제출하려는 사유와 현재 제출 상태에 따라 달라질 수 있으므로, 삭제요청서 제출 전에 관할세무서에 문의해 보는 것이 좋습니다.