본점과 지점 간 재화 이동은 원칙적으로 재화의 공급으로 보지 않으므로 세금계산서 발급의무가 없고, 발급하지 않더라도 세금계산서 미발급 가산세는 부과되지 않습니다.
부가가치세법 제10조제3항은 사업장이 둘 이상인 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산·취득한 재화를 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것을 재화의 공급으로 보되, 사업자 단위 과세 적용을 받는 경우나 주사업장 총괄 납부 적용을 받는 경우는 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정합니다. 따라서 본점과 지점 간 이동이라도 사업자 단위 과세나 주사업장 총괄 납부 적용 대상이라면 공급으로 보지 않아 세금계산서 발급의무 자체가 발생하지 않습니다.
다만 사업자 단위 과세나 주사업장 총괄 납부 적용이 없는 상태에서 판매 목적으로 다른 사업장에 반출하면 재화의 공급으로 볼 수 있고, 이 경우에는 세금계산서 발급의무가 생길 수 있습니다. 이때는 공급시기에 맞춰 세금계산서를 발급해야 하며, 발급하지 않으면 부가가치세법 제60조제2항에 따른 지연발급 또는 미발급 가산세가 적용될 수 있습니다.
실무상 본점과 지점 간 단순 내부 이동이나 자금 이체만으로는 세금계산서 발급대상이 아닌 경우가 많습니다. 그러나 판매 목적 반출인지, 사업자 단위 과세나 총괄 납부 적용 대상인지, 실제 공급시기가 언제인지에 따라 판단이 달라지므로 해당 거래의 성격과 적용 제도를 먼저 확인하는 것이 좋습니다.
관련 근거: 부가가치세법 제10조제3항, 제32조, 제34조, 제60조제2항.